一是由于對(duì)增值稅和所得稅審計(jì)程序的設(shè)計(jì)依據(jù)的是1996年前的稅法和財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)制度，經(jīng)過多年的演變，早已時(shí)過境遷，該指南在審計(jì)增值稅和所得稅會(huì)計(jì)方面已失去了應(yīng)有的針對(duì)性、實(shí)用性和指導(dǎo)性；

      二是由于規(guī)定過于簡單，造成包括對(duì)增值稅和所得稅在內(nèi)的所有稅種的審計(jì)程序均不規(guī)范明確；

      三是使注冊(cè)會(huì)計(jì)師對(duì)企業(yè)納稅問題的審計(jì)無規(guī)可依；

      四是在執(zhí)業(yè)規(guī)范指南中作出的規(guī)定屬于建議性或指導(dǎo)性的要求，其層次不高、約束力不強(qiáng)，不足以引起注冊(cè)會(huì)計(jì)師的重視。

      （4）由于大多數(shù)企業(yè)在納稅調(diào)整的處理基本上無賬可尋，有的甚至沒有調(diào)整的明細(xì)記錄，使企業(yè)提供完整會(huì)計(jì)資料和記錄的審計(jì)前提受到嚴(yán)重影響，如果注冊(cè)會(huì)計(jì)師接受委托，又不對(duì)這方面的影響發(fā)表意見，不僅可以理解為注冊(cè)會(huì)計(jì)師對(duì)企業(yè)不履行會(huì)計(jì)責(zé)任的認(rèn)可，而且可以理解為會(huì)計(jì)資料不完整不影響注冊(cè)會(huì)計(jì)師的審計(jì)，對(duì)這兩個(gè)誤解審計(jì)準(zhǔn)則目前還無法圓滿解釋。

稅法規(guī)定和執(zhí)行上的弊端

      我國稅法的剛性不足，常有一些需要解釋和補(bǔ)充的方面，人們?cè)诰唧w執(zhí)行中對(duì)一些問題的認(rèn)識(shí)也是見仁見智，這取決于執(zhí)行人的業(yè)務(wù)水平高低、對(duì)問題的理解和寬嚴(yán)程度，這些情況往往造成對(duì)一些具體問題的執(zhí)行結(jié)果因人而異，正如稅務(wù)部門中流傳的“10個(gè)人查所得稅可能是10種結(jié)果”一說。由此可見，注冊(cè)會(huì)計(jì)師對(duì)納稅調(diào)整的審計(jì)不能被稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)可，以及注冊(cè)會(huì)計(jì)師有時(shí)在審計(jì)納稅問題上的無所適從也就不足為奇了。